Kör GROMACS på Slurm-baserad HPC hos WECORE: biomolekylär dynamik med hög genomströmning för proteiner, lipider och nukleinsyror, med icke-bundet arbete avlastat till GPU och MPI över flera noder där det lönar sig.
GROMACS är en molekyldynamikmotor skriven för biomolekylära system och trimmad för genomströmning.
Dess icke-bundna beräkningskärnor är handoptimerade per arkitektur, och GPU-avlastningen är så mogen att en välkonfigurerad enskild nod ofta slår en naiv körning över flera noder.
Kör veckningsstudier och konformationssampling länge nog för att de långsamma rörelserna ska hinna visa sig.
Bygg och ekvilibrera dubbelskiktssystem, och kör sedan membranproteiner i en realistisk lipidmiljö.
Uppskatta fria bindningsenergier för protein–ligand-komplex från perturbationsfönster, vart och ett köat som ett oberoende jobb.
Kör nukleinsyrasystem och de långa produktionskampanjer som ensemblemetoder bygger på.
Köa många oberoende replikor i stället för ett enda enormt jobb – den form det mesta GROMACS-arbetet tar. MPI över flera noder finns för det enskilda system som verkligen behöver det.
GPU-noderna bär de icke-bundna beräkningskärnorna, och en välkonfigurerad enskild nod slår ofta en naiv körning över flera noder. Den användbara frågan är hur många replikor som blir klara per dag, inte hur snabbt ett enskilt steg är.
