در دسترس
دینامیک مولکولی
LAMMPS
دینامیک مولکولی کلاسیک در مقیاس بزرگ (از مدلهای اتمی تا درشتدانه و مزومقیاس) با شتابدهی GPU و تجزیهٔ فضایی.
بازارچهٔ نرمافزار
GROMACS
دینامیک مولکولی
در دسترس
GROMACS را روی HPC مبتنی بر Slurm در WECORE اجرا کنید: دینامیک زیستمولکولی پرتوان برای پروتئینها، لیپیدها و اسیدهای نوکلئیک، با واگذاری بار غیرپیوندی به GPU و MPI چندنودی.
GPU
MPI
Slurm
نمای کلی
آشنایی با GROMACS.
GROMACS موتور دینامیک مولکولی است که برای سامانههای زیستمولکولی نوشته شده و بهشدت برای توان عملیاتی تنظیم شده است.
هستههای غیرپیوندی آن بهازای هر معماری دستی بهینه شدهاند و مسیر واگذاری به GPU آن آنقدر پخته است که یک نود با پیکربندی درست اغلب از یک اجرای چندنودی سادهانگارانه بهتر عمل میکند.
کاربردها
برای چه اجرا میشود.
تاخوردگی پروتئین و نمونهبرداری همساختها
مطالعههای تاخوردگی و نمونهبرداری همساختها را آنقدر طولانی اجرا کنید که حرکتهای کند خود را نشان دهند.
سامانههای غشایی و دولایهٔ لیپیدی
دولایههای لیپیدی را بسازید و به تعادل برسانید، سپس پروتئینهای غشایی را در محیط لیپیدی واقعنما اجرا کنید.
اتصال پروتئین و لیگاند و انرژی آزاد
انرژی آزاد اتصال پروتئین و لیگاند را با پنجرههای اغتشاش انرژی آزاد برآورد کنید که هرکدام کار مستقلی در صف است.
اسیدهای نوکلئیک و اجراهای تولیدی طولانی
سامانههای اسید نوکلئیک و کارزارهای تولیدی طولانی را اجرا کنید که روشهای گروهی به آنها متکیاند.
حالتهای اجرا
روی WECORE چگونه اجرا میشود.
دستهای Slurm
آرایههای Slurm برای گروه تکرارها
بهجای یک کار بسیار بزرگ، تکرارهای مستقل بسیار را در صف بگذارید، همان شکلی که کار GROMACS معمولاً به خود میگیرد. MPI چندنودی برای همان سامانهای در دسترس است که واقعاً به آن نیاز دارد.
GPU
بار غیرپیوندی روی نودهای GPU
نودهای GPU هستههای غیرپیوندی را بر عهده میگیرند و یک نود با پیکربندی درست اغلب از یک اجرای چندنودی سادهانگارانه بهتر عمل میکند. پرسش مفید این است که روزانه چند تکرار تمام میشود، نه اینکه یک گام چقدر سریع است.
بهزودی
پشتهٔ شبیهسازیتان را به ابری که کنترلش میکنید بیاورید.
OpenFOAM، LAMMPS و GROMACS هماکنون آمادهاند و بقیهٔ فهرست در حال عرضه است. دسترسی زودهنگام بخواهید و بگویید بعدی کدام اپ را نیاز دارید.