در دسترس
دینامیک مولکولی
GROMACS
دینامیک زیستمولکولی پرتوان برای پروتئینها، لیپیدها و اسیدهای نوکلئیک، بهینهشده برای واگذاری به GPU و MPI چندنودی.
بازارچهٔ نرمافزار
LAMMPS
دینامیک مولکولی
در دسترس
LAMMPS را روی HPC مبتنی بر Slurm در WECORE اجرا کنید: دینامیک مولکولی کلاسیک از مقیاس اتمی تا درشتدانه و مزومقیاس، با تجزیهٔ فضایی روی رنکهای MPI و شتابدهی GPU.
Slurm
GPU
MPI
نمای کلی
آشنایی با LAMMPS.
LAMMPS یک کد دینامیک مولکولی کلاسیک است که حول تجزیهٔ فضایی و کتابخانهای بسیار بزرگ از پتانسیلهای بیناتمی ساخته شده است، از لنارد-جونز ساده تا EAM و ReaxFF و پتانسیلهای یادگیریماشینی.
این کد عمداً پیمانهای است. بیشتر گروهها آن را بهعنوان موتور شبیهسازی اسکریپتپذیر به کار میگیرند، نه یک برنامهٔ ثابت.
کاربردها
برای چه اجرا میشود.
مواد تحت بار
شکست، دینامیک نابجایی و پاسخ مکانیکی مواد را در تفکیک اتمی دنبال کنید، همانجا که مدلهای پیوسته دیگر پاسخگو نیستند.
لایههای نازک و فصلمشترکها
سطوح، فصلمشترکها و سامانههای لایهای را شبیهسازی کنید، جایی که ساختار مرز رفتار کل سامانه را تعیین میکند.
پلیمرها و مادهٔ نرم درشتدانه
با تفکیک درشتدانه به مقیاسهای زمانی و طولیای برسید که مدل تماماتمی به آنها نمیرسد، شامل جریانهای دانهای و مزومقیاس.
شیمی واکنشی
با ReaxFF و پتانسیلهای مشابه آنجا کار کنید که پیوندها شکسته و ساخته میشوند و توپولوژی پیوند ثابت کافی نیست.
حالتهای اجرا
روی WECORE چگونه اجرا میشود.
دستهای Slurm
کارهای دستهای و آرایههای Slurm
اسکریپتهای ورودی را به صف Slurm بسپارید تا تجزیهٔ فضایی جعبهٔ شبیهسازی را میان رنکهای MPI پخش کند و مدلی که روی یک نود جا نمیشود روی کلاستر اجرا شود. جاروب پارامترها بهصورت آرایهٔ کار ارسال میشود.
GPU
شتابدهی GPU برای محاسبهٔ جفت و همسایگی
بستههای GPU محاسبهٔ جفت و همسایگی را به نودهای شتابدهنده واگذار میکنند، هرجا که پتانسیل از آن پشتیبانی کند. معمولاً همین تفاوت میان اجرایی است که با هفته اندازهگیری میشود و اجرایی که با روز.
بهزودی
پشتهٔ شبیهسازیتان را به ابری که کنترلش میکنید بیاورید.
OpenFOAM، LAMMPS و GROMACS هماکنون آمادهاند و بقیهٔ فهرست در حال عرضه است. دسترسی زودهنگام بخواهید و بگویید بعدی کدام اپ را نیاز دارید.